Im Erdgeschoss des ehemaligen Augustinerinnenklosters können Besucher die Geschichte der Kernstadt Grünberg und ihrer Ortsteile mit dem Jahrhunderte alten Gallusmarkt sowie die Entwicklung und Bedeutung der Grünberger Klöster und Spitäler entdecken, insbesondere des Antoniterklosters. Der erste Stock widmet sich dem Leben und Werk des Südamerikaforschers Theodor Koch-Grünberg (1872-1924). Eine permanente Ausstellung über den Amazonas-Regenwald bietet Einblicke in die Themen, mit denen sich der Forscher auf seinen vier Reisen nach Südamerika zwischen 1898 und 1924 beschäftigte. Das Museum im Spital zeigt Leihgaben aus dem Ethnologischen Museum in Berlin, wo ein Großteil der Koch-Grünberg-Sammlung aufbewahrt wird. Ein separater Raum präsentiert wechselnde Ausstellungen zur Kunst und Kultur der Region. Für museumspädagogische Aktivitäten steht ein eigener Raum zur Verfügung, ebenso wie eine Präsenzbibliothek für weiterführende Recherchen zu historischen Themen. Im Museumsshop können Besucher Bücher, DVDs, CDs, Postkarten und kunsthandwerkliche Artikel aus Amazonien erwerben.